Foi um missionário franciscano mártir no Japão. Foi canonizado pelo Papa João Paulo II, englobado no grupo dos 26 mártires do Japão e o primeiro santo nascido no território que hoje é o México.
A evangelização do Japão teve início no mês de Agosto no ano de 1549, quando São Francisco Xavier pisou pela primeira vez o solo nipónico e começou e perfumá-lo com o odor das suas virtudes e dons admiráveis da sua evangelização.
Numa primeira etapa, os religiosos Jesuítas e, alguns anos depois, os frades franciscanos e de outras ordens religiosas, empreenderam com todo o empenho a obra da salvação dos gentios japoneses. A história relata empolgantes atitudes e, ao lado, de dolorosas decepções e a par de conversões vitoriosas. Foram estes destemidos religiosos que, em menos de cinquenta anos, assistiram e batizaram mais de 300 mil cristãos no Império do Sol Nascente e esse número tendia aumentar cada vez mais.
Num sistema político conturbado pela guerra civil, a religião progredia muito lentamente. Após alguns anos de tréguas, mas com a tomada do poder por Hideyoshi e sabendo que muitos dos seus vassalos se tinham convertido ao cristianismo (muitos dos quais ocupavam lugar de destaque no exército) e eram um obstáculo à realização aos seus desígnios ditatoriais, assinou em 1687 um decreto de expulsão de todos os missionários. Pela prudência e boa política dos padres Jesuítas a decisão do chefe Hideyoshi não foi executada.
Nos finais do século XVI, começaram a chegar ao Japão, vindos das Filipinas, religiosos franciscanos e intensificou-se a obra da evangelização.
Frei Filipe de Jesus, corista, querendo emendar os erros da sua juventude tomou o hábito de frade arrábido no convento “capucho” de Manilla, nas ilhas Filipinas, embarcou com licença dos Prelados no Galeão S. Filipe que se dirigia para o México, com o desejo de ir ver seus pais que para lá se tinham dirigido. Na viagem com várias tempestades e ventos ciclónicos, foi parar a um porto do Reino do Japão e nele procurou o seu companheiro e confrade frei Pedro Batista e outros religiosos, que naquela terra estavam em missão de evangelização.
Contra eles se moveu uma terrível perseguição. Foram presos por ordem do Imperador, conduzidos à cidade de Nagasáqui, cortaram-lhe as orelhas, outros membros do seu corpo e foram crucificados, alcançando a glória do martírio. O cronista sobre Frei Filipe, escreve: “Oh ditoso galeão São Filipe que te perdeste!”.
Foi crucificado e, após muito sofrimento, entregou o seu espírito ao Senhor. Não muito longe dali, assistia Estêvão Gomes, mercador de Setúbal, que cortou um pé a frei Filipe de Jesus e o trouxe para o Convento de Alferrara para que os devotos lhe pudessem rezar e honrar o santo que, em terras nipónicas, deu testemunho da sua fé.