Em 1982, quando o Papa João Paulo II veio pela primeira vez a Portugal, fez questão de ser recebido pelas autoridades municipais de Lisboa na Igreja de Santo António.
Foi uma visita muito importante que se revestiu de um grande significado simbólico. Para além de confirmar a importância do Santuário como o lugar do nascimento de Santo António, revalidou a relação histórica da cidade de Lisboa com a devoção a Santo António.
Na verdade, a casa onde Santo António nasceu, no ano de 1191, tornou-se propriedade municipal pelo menos a partir do seculo XIII (mantendo-se atualmente a única igreja de Lisboa aberta ao culto que é propriedade da Câmara Municipal). Foi aqui, aliás, que esteve instalado, durante mais de 400 anos, o Senado da cidade de Lisboa.
Esta propriedade foi sempre respeitada pelas autoridades religiosas: a bula Sedes Apostolica licet, de 24 de janeiro de 1433, concedida à cidade de Lisboa pelo Papa Eugénio IV, confirma que a capela de Santo António sai da jurisdição ordinária do arcebispado e demais autoridades eclesiásticas da Sé de Lisboa, para ficar sob alçada direta do Vaticano.
Também o poder real nunca questionou esta propriedade e sempre que quis intervir na Igreja pedia previamente a respetiva autorização à edilidade. Foi o que fez D. João II quando em 1493 requer autorização à Câmara para fazer um oratório na capela de Santo António. O rei morreu antes de poder cumprir este desejo, mas deixou uma verba em testamento para que fosse cumprida pelo seu sucessor. D. Manuel irá fazer, às suas custas, uma intervenção mais profunda e patrocina a construção de uma igreja no lugar da capela, que a partir daqui toma o nome de Real Casa e Igreja de Santo António.
Mais tarde esta igreja será enriquecida por ação de D. João V, mas o terramoto de 1755 provocará grandes danos, só sobrevivendo a capela-mor e a imagem de Santo António que ainda hoje lá permanece.
A devoção popular, com esmolas recolhidas em todo o reino, permitiu a reconstrução da igreja. Com traço do arquiteto Mateus Vicente, será benzida no dia 15 de maio de 1787.
O conturbado século XIX e a extinção das ordens religiosas vão levar ao encerramento da Igreja. As comemorações antonianas de 1895 e a organização do Sétimo Centenário da morte de Santo António de 1931 reclamam a sua reabertura, que ficou estabelecida com um acordo entre a Câmara Municipal de Lisboa e o Patriarcado em 1926. A administração da Igreja e gestão do culto foi entregue ao Cardeal Patriarca que a confia à Ordem Franciscana e que, desde essa altura, tem contribuído para a afirmação do Santuário e de Portugal no culto antoniano.
Foto da capa: Igreja de Santo António, em Lisboa. Década de 1940. Foto de Eduardo Portugal | Museu de Lisboa – Santo António.