Fernão de Magalhães levou 32 dias para descobrir e atravessar o estreito que, em sua homenagem, ficou com o seu nome, entrando no Pacífico a 28 de Novembro de 1520.
Magalhães navegou primeiro para Noroeste e, a 1 de Dezembro, passou a navegar a Norte. Inicialmente a navegação fez-se com condições atmosféricas magníficas, vento de feição e pouca manobra de vela, o que constituiu um bom presságio para a consumação de todas as esperanças. Todos suportaram de boa vontade o racionamento dos víveres e do vinho sonhando com a abundância que os esperava em breve.
Magalhães tinha a convicção de que a viagem até às Ilhas das Especiarias teria uma duração de 3 ou 4 dias, devido à informação pouco rigorosa que o seu amigo Francisco Serrão lhe havia prestado, que situava as ilhas mais para Oeste do que, na realidade, estavam. Aliás, esta era também a opinião de Pigafetta, que tendo lido a Geografia de Ptolomeu, estava convencido que este mar do sul era “estreito” e por isso chegariam ao Oriente muito rapidamente.
Contudo, não era esta a opinião do cosmógrafo André de San Martin que, usando o método de Rui Faleiro, calculou bem a longitude quando iniciaram a viagem no Pacífico. Conhecendo a posição aproximada das ilhas, alertou Magalhães para uma travessia de pelo menos dois meses antes de as atingir.
Depois da perda da Santiago ainda no Atlântico e do motim na San Antonio, onde a tripulação aprisionou o capitão Álvaro de Mesquita, primo de Magalhães e iniciou uma viagem de regresso a Espanha pela rota inversa no Atlântico, a esquadra estava reduzida a três unidades: A Trinidad, a Victoria e a Concepcion.
Na viagem através do Pacífico que durou mais de três meses, os navios percorreram cerca de 8100 milhas e dezenas de homens sucumbiram à desidratação, malnutrição e ao escorbuto. No percurso encontraram apenas duas pequenas ilhas desabitadas. A primeira, descoberta no dia 21 de Janeiro, nos 15º de latitude Sul, constituiu uma enorme alegria uma vez que esperavam finalmente encontrar víveres e água doce. No entanto, à alegria sucedeu a consternação. A terra avistada não passava de um amontoado de rochedos que mal ultrapassavam o nível do mar. Nada parecia crescer ali. Alguns marinheiros foram a terra fazer o reconhecimento, mas não tardaram a regressar desiludidos: a ilhota não tinha qualquer vegetação ou aguada.
Aos 9º de latitude Sul, nova ilha, semelhante à precedente, conduziu a igual desilusão. “Chamar-lhe-emos Ilha do Desapontamento”, decide Magalhães. Embora surgissem algumas dúvidas quanto ao sucesso da missão, a marinhagem, de uma forma geral, agarrou-se à esperança de voltar a encontrar terras hospitaleiras e acolhedoras. De entre aqueles que já não acreditavam destacava-se Francisco Ruiz que terá prognosticado:
havemos de navegar neste oceano até morrermos. O capitão-geral enganou-nos. A Terra não é uma bola, é achatada como um prato e, quando chegarmos ao fim, havemos de cair num abismo sem fundo. Até ao Inferno!
Passaram noventa e oito dias desde que deixaram o Cabo Desejado. Na posição 12º de latitude Norte e 146º de longitude Oeste surgiu uma ilha montanhosa. Dentro em pouco surgiram outras duas. Fracos e desesperados, com a febre a tomar conta dos corpos e das mentes, os marinheiros cumprem as ordens para reduzir o pano. Quando os três navios se preparavam para fundear, começaram a distinguir-se pequenas silhuetas negras que se dirigiam para as pirogas.
Os navios lançam ferro junto à ilha a que deu o nome de Ilha dos Ladrões, hoje denominada de Guam, no Arquipélago das Marianas, no dia 6 de março de 1521. Chegará a Cebu, no Arquipélago que a partir de 1543 passou a ser designado por Filipinas em homenagem ao Rei Filipe II de Espanha, um mês e um dia depois.
